除了根据患者的典型临床表现，主要通过实验室对病原虫检查对蓝氏贾第鞭毛虫病进行诊断。
一、实验室检查
1、病原体检查
可以在患者新鲜腹泻便中可发现滋养体，糊状便和成形便中多为包囊。粪便直接生理盐水涂片即可找到滋养体；以碘液染色后可使包囊易于识别。硫酸锌漂浮法等浓缩法可提高包囊检出率。粪便检查应三送三检，三检阳性率可提高到97％。十二指肠引流物、小肠黏液或活检组织均可查到蓝氏贾第鞭毛虫虫体。
2、免疫学试验：免疫学试验可分为检测血清内抗体和粪抗原两类。
（1）检测抗体
自从蓝氏贾第鞭毛虫纯培养成功后，由于高纯度抗原制备已成可能，故大大提高了免疫诊断的灵敏性与特异性。我国已建立两株蓝氏贾第鞭毛虫培养，为国内开展免疫诊断提供了条件。酶联免疫吸附试验（ELISA）和间接荧光抗体试验（IFA）检查患者血清抗体，前者可达75％～81％阳性，后者可达66.6％～90％阳性。
（2）检测抗原
可用酶联免疫试验（双夹心法）、斑点酶联免疫吸附试验（Dot-ELISA）、对流免疫电泳（CIE）等检测粪稀释液中抗原。双夹心法ELISA阳性率高达92％，Dot-ELISA也可达91.7％，CIE则可达94％。检测粪抗原不但可用于诊断，也可以考核疗效。
3、 分子生物学诊断
近年有用聚合酶链反应（PCR）检测蓝氏贾第鞭毛虫核糖体RNA（rRNA）基因产物，可检测出相当于一个滋养体基因组DNA量的扩增拷贝。也可用放射性标记的染色体DNA探针检测滋养体和包囊。分子生物学方法具有高特异性灵敏性，因而有广阔的应用前景。
二、辅助检查
腹部B超了解肝、胆情况。尚应做X线胸片和心电图检查。
