精囊囊肿常合并其他泌尿生殖系器官的畸形，如尿道下裂、两性畸形，同侧肾不发育等，亦有报告对侧肾不发育。尿道下裂患者可见有异常的尿道孔，可经多个尿道孔排尿，容易合并泌尿系统的感染。良性畸形则有性生活困难，而不宜受孕。由于精囊囊肿还可直接压迫输精管，造成射精障碍，诱发不育。
