由于广谱抗生素及肾上腺皮质激素的应用，近年来，本病有日渐增加的趋势，治疗措施如下：
(1)发现本病后，应停止使用广谱抗生素、肾上腺皮质激素、免疫抑制剂等。
(2)加强护理及营养，进行全身支持疗法及对症处理：注意补充维生素B族，饮食中要有足够的营养和热量；注意水、电解质平衡；必要时输新鲜血液以提高机体免疫力。
(3)抗真菌药物的应用：
①二性霉素B：对深部念珠菌有强大的抑制作用，是治疗深部念珠菌病主要药物，但此药的副作用较大，静滴不久即可出现高热、寒战、恶心、呕吐等反应，长期应用对肝、肾、心肌有毒性作用，所以疗程不要过长。用法：50mg/kg・日，先将此药用注射用水10ml溶解，然后加入5%～10%葡萄糖液中稀释成0.1mg/ml的浓度静滴，6～8小时滴完，滴注时药瓶用黑纸包裹避光。
②5氟胞嘧啶：对念珠菌有良好的抑制作用，单用效果较二性霉素B差，但若两药合用，有协同作用，可增加疗效。副作用较二性霉素B小，应用时可出现消化道症状，长期应用少数患儿可有肝、肾损害、骨髓抑制等。用量：100mg/kg・日，分3～4次口服或加入液体内静脉输入。
③大蒜素：有抑制真菌及抗菌、消炎作用。小儿每日10～40mg，加入5%葡萄糖液(不得少于稀释4倍)静脉滴入，每日1次，疗程2周～2月。副作用少。
④球红霉素：抗菌作用与二性霉素B相同，对念珠菌有较好的抑制作用，但与二性霉素相比，抗菌作用较弱，毒性也较小。用法：首次40～100μ/kg，每次增加40～100μ/kg，逐渐增至600～800μ/kg・次，每日或隔日1次，静脉滴注。
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