正如任何事物都有其两面性一样，虽然在施行外科手术前医生会再三的考虑手术后带给患者的利与弊，但手术后患者仍然可能会发生以下的情况：(1)患者胃肠道消化不良：患者术后可能会出现长期的腹泻症状，尤其是施行小肠分流术、小肠切除术的患者，这种并发症出现的几率更高。其他诸如倾倒综合征、肝硬化、肾结石、痛风等并发症也时常会发生.(2)患者营养吸收障碍：可能会发生贫血、维生素缺乏等情况。以上两种情况的发生，主要与手术缩小了患者胃的体积或减少了肠道的吸收面积，食物没有经过正常、完整的消化过程就被排出体外所造成的。从某种意义上来说，这也是手术想要达到的一个目的。(3)手术中或手术后可能发生的各种并发症：包括有伤口裂开、感染、粘连、梗阻等。(4)手术失败，无法达到减肥目的：由于减肥手术的成功率并不能达到百分之百，一旦手术失败，患者可能会产生“赔了夫人又折兵”的感觉。
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