生理性的囊肿无需手术，而病理性的囊肿，往往需要手术来明确诊断并作相应的处理。超声提示囊肿为无回声的囊肿，没有分隔，那么可以先观察3个月，3个月后重复超声检查，如囊肿仍然存在，应考虑行手术处理。除此以外的囊肿，大多情况下均为病理性的囊肿，应行手术明确诊断。可行卵巢楔形切除或卵巢修补术。
一、黄体囊肿的西医治疗
如果已经有了子女，或者是已经过了绝经期，妇科医生会建议把两个卵巢及子宫一起切除掉。这是由于一旦罹患了某种囊肿，它们有复发的可能，囊肿复发时，会有罹患癌症的危险。
不是恶性的黄体囊肿有时可用一种叫做腹腔镜的仪器做引流治疗，但通常的治疗方法是将囊肿切除。实施这种治疗方法时，通常不会对卵巢造成影响，但偶尔为了确定将整个囊肿切除，就必须把整个卵巢，甚至连输卵管也一起切除。由于女性有两个卵巢，切除一个卵巢后女性仍然可以生育。
(一)一般治疗
1.使用抗生素以预防和治疗感染;
2.一旦发生囊肿破裂、蒂扭转应紧急处理。
方法的选择：因宫颈黄体囊肿与宫颈癌的发生有密切关系，故患黄体囊肿应积极治疗。
(二)物理冶疗
认为是目前较好的治疗方法，适用于中、重度黄体囊肿患者。方法有电熨、冷冻、激光等。由医生根据宫颈囊肿程度和面积及患者全身情况选用。创面愈合需4-8周，术后注意保持外阴清治，创面未愈合前禁性交、盆浴。
(三)药物腐蚀
搽洗净宫颈表面，用干纱块保护，用棉棒蘸取10%-20%硝酸银或重铬酸钾溶液，涂于糜烂面上，再用生理盐水反复搽洗。于月经干净后5-7天上药，硝酸银每上药1-2次，2-4次为一疗程。重铬酸钾每个月上药1次。这两种药有较强的腐蚀作用，必须在医院使用。
二、黄体囊肿的中医治疗
芍药甘草汤有镇痛、促进血肿吸收、恢复排卵等作用，是保守治疗黄体囊肿的有效方剂
三、黄体囊肿对性功能有无影响
最近一份对有性生活的妇女的研究报告表明，血液中睾酮水平与女性性反应和性满足之间呈明显相关。知道卵巢和肾上腺对性生活的重要性之后，女性应注意不让医生随便切除肾上腺和卵巢。
当一只肾上腺被摘除后，有些妇女报告性欲、快感和高潮次数剧烈下降;摘除双侧卵巢后，不少妇女报告类似变化。摘除卵巢或绝经后，妇女体内睾酮水平下降，其性欲低于卵巢正常女性，显示当卵巢功能衰退或中止时，睾酮分泌量减少，性欲减退。
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