本病从口至肛门的全胃肠道的任何部位均可受累，病变呈跳跃式或节段性分布。小肠和结肠同时受累最为常见，占40%～60%;限于小肠，主要是末端回肠发病的占30%～40%;单独发生在肛门或直肠的病变少见，约占3%，多与小肠和结肠病变合并存在;结肠单独发病者较少，占5%～20%。胃或十二指肠、食管、口部病变总共约占10%以下。
早期病变呈口疮样小溃疡，大小不等。最小者如针尖，伴有出血;较大者边界清楚浅表，底为白色。手术切除时如遗漏小的病变，可从该处复发。典型溃疡呈纵行或匐行性，不连续，大小不等。鹅卵石样改变约在1/4病例中存在。肠壁增厚、肠腔狭窄较多见。手术病例中95%左右存在狭窄。有些Crohn病可见多发炎症性息肉。
显微镜下病变见于肠黏膜层、黏膜下层和浆膜层，主要是黏膜下层。常见淋巴细胞聚集，可有生发中心。淋巴细胞聚集的部位与血管和扩张的淋巴管有密切关系。浆膜层的淋巴细胞聚集可形成玫瑰花环样。也可见到浆细胞、多核细胞和嗜酸性粒细胞。黏膜层可见到陷窝脓肿。非干酪性肉芽肿为本病的重要特征之一，由上皮样细胞和巨细胞组成，中心无干酪性坏死，并不常见，仅见于50%左右的病例。需要注意的是肉芽肿也可在耶尔森菌属感染或衣原体感染时发现，有经验的病理学家可通过组织切片加以鉴别。5%病例中可见玻璃样变和甲介状的包涵体，与结节病和结核病所见相同。肉芽肿常常很不典型，有由淋巴细胞形成的明显边界。可见于肠壁的全层，但以黏膜下层和浆膜层最易出现。除肠壁外，局部淋巴结中也可发现肉芽肿。
一、未病前的预防
中医学认为本病是由于脾肾虚弱、感受外邪、情志内伤、饮食劳倦等因素导致的。现代医学认为克隆病的发病原因不明确，可能与病毒感染、免疫、遗传因素有密切关系。结合中西观点，可从生活起居、饮食、精神调养、增强体质等几个方面进行预防。
1.生活起居要有规律;
2.禁食生冷不洁食物;
3.精神调养;
4.适当进行体育锻炼;
二、已病后的预防
本病为一慢性反复发作的疾病。由于病因不明，尚无根本的治愈方法。许多病人在其病程中都会出现一次以上的并发症需要手术治疗，而手术治疗的复发率甚高，有报道可达90%。本病的复发率与病充数范围和病症侵袭的强弱等因素有关。所幸死亡率还不高。此外，本病随病程的延长和年龄的增长，复发率逐渐降低而健康者的比率升高。近年来采用各种治疗措施对多数病人是有效的，可帮助患者度过病情活动期的难关。
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