运动神经元病病因尚不清楚，一般认为是随着年龄增长，由遗传易感个体暴露于不利环境所造成的，即遗传因素和环境因素共同导致了运动神经元病的发生。
一、遗传因素
目前已经发现了十多种与ALS发病相关的突变基因，其中最常见的是超氧化物歧化酶1基因，其次是FUS和TARDBP，其余还包括ALS2、SETX、VAPB、ANG、OPTN、ATXIN2等。但是前三种基因与大部分ALS相关，而其余大量基因仅与少数ALS相关。所有家族性ALS的突变基因均可以出现在散发性ALS患者中，两组唯一的临床鉴别点是前者的发病年龄较小，大约比后者提前10年左右，而且散发性ALS患者的一级亲属罹患ALS及其他神经系统变性疾病的风险增高，因此不能排除遗传因素也在散发性ALS中起作用。
二、环境因素
1、农业劳动与农村生活：在ALS患者中从事农业生产或者居住在农村的人口所占的比例明显高于从事其他行业的人，这些数据提示从事或者接触农业生产可能与ALS的发病有关。有学者认为这一现象的出现可能与农民经常接触杀虫剂、除草剂、化肥等有关。
2、电击伤：部分患者在电击伤后数天至数年可以表现出肌肉无力、萎缩、痉挛性截瘫以及锥体束征。并有一些流行病学资料显示ALS患者中曾经发生过电击伤的比例显著高于对照组。
3、电离辐射：早期一项针对日本原子弹爆炸的幸存者的研究没有发现ALS的发病与电离辐射相关。但是后来的一项研究显示，在1950-1990之间日本ALS的死亡率与太平洋进行武器试验的辐射尘相关。
4、外伤：ALS患者在发病前骨折或者外伤的发生频率明显高于健康对照组。但是有学者指出，ALS患者由于行动不方便，易受外伤是可以理解的，而且ALS患者由于长期缺乏运动，因此多发骨质疏松，所以简单的认为外伤与ALS发病相关是不科学的，两者之间更为具体的关系有待进一步研究证实。
5、过度运动：人们经常认为过度运动与ALS的发生之间存在潜在联系，但是目前还没有一项关于ALS与过度运动的调查研究。Longstreth指出即使这种联系被证实，过度运动导致ALS发生的机制也是很难研究清楚的。
6、吸烟：一项涉及109名ALS患者与256名健康对照的研究显示吸烟可以增加ALS的发病风险，但是这一联系是否确实存在，仍需进行更大样本的流行病学调查。
7、工业原料：多项研究显示ALS患者中从事皮革、橡胶生产或者经常接触有机溶剂的比例较高，但是更为科学可信的资料还有待进一步收集整理。
8、重金属：有资料显示在接触焊接工业的人群中，ALS的发病风险较高。有学者认为这与工人经常吸入含有重金属的气体有关。另有多项流行病学资料显示增加ALS发病风险的因素还包括经常暴露于铅、汞、硒、锰、铝等重金属或矿物元素。
温馨提示：运动神经元病与癌症、艾滋病齐名。只要患了这种病，先是肌肉萎缩，最后在病人有意识的情况下因无力呼吸而死。所以这种病人也叫“渐冻人”。
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