医生通常能根据病人的年龄、病人或家长的诉说的症状，及检查皮疹和溃疡来鉴别手足口病和其他原因所致的口腔溃疡。可将咽拭子或粪便标本送至实验室检测病毒，但病毒检测需要2-4周才能出结果，因此医生通常不提出做此项检查。依据：流行病学资料、临床表现、实验室检查、确诊时须有病原学的检查依据。
手足口病表现在皮肤和口腔上，但病毒会侵犯心、脑、肾等重要器官。本病流行时要加强对患者的临床监测，如出现高热、白细胞不明原因增高而查不出其他感染灶时，就要警惕暴发性心肌炎的发生。近年发现EV71较CoxAl6所致手足口病有更多机会发生无菌性脑膜炎，其症状呈现为发烧、头痛、颈部僵硬、呕吐、易烦躁、睡眠不安稳等;身体偶而可发现非特异性红丘疹，甚至点状出血点。合并有中枢神经系统症状的人，以2岁以内患儿多见。
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