很多患者在治疗完卵巢巧克力囊肿以后，出现复发的现在，而且还有些患者，治疗以后复发，复发以后再治疗，而后又复发，反复的发作，让很多患者困扰不已。那么为什么卵巢囊肿复发这么频繁呢？
在手术时并没有发现非典型的子宫内膜异位症，或者是显微的子宫内膜异位症，在不孕的病人之中，55%有这种非典型的子宫内膜异位症，如果没有发现非典型的子宫内膜异位症或显微的子宫内膜异位症，那么手术就不可能做的完整，结果是手术后会继续产生疼痛和不孕。这可能是手术没有完全消化子宫内膜异位症而产生了更多和更活跃的前列腺素而导致疾病的复发。
除了手术不成功处，还有就是在手术后不注意护理，也会使疾病复发。
为了防止卵巢巧克力囊肿复发，在术后要注意预防：
1、注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。
2、月经期要做好自身的保健，注意控制自己的情绪，不要生闷气，否则会导致内分泌的改变。
3、术后增加蛋白质的摄入量。蛋白质可以帮助伤口快速愈合，增加体力。可以选择鱼类，因为鱼肉比骄傲容易消化和吸收。同时巧克力囊肿手术后应多吃如牛奶、菠菜、山药、白菜、油菜、香菇、瘦肉、鸡蛋、鲫鱼、苹果、鸭梨、大枣、花生、黑米等。以此来增强自己的抵抗力，好让身体快速的恢复。但不能叫蟹、带鱼、青鱼、鹅肉、狗肉、辣椒、生葱、生蒜、桂圆、橘子、白酒等。
4、巨大内膜囊肿、估计有广泛肠黏连、需进行肠切除术或判定为很复杂的手术以开腹手术为宜。对于不想生育，且接近停经的妇女，则可以考虑切除子宫和卵巢，以达到一劳永逸的目的。
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