鹿角状结石和胱氨酸结石
经皮肾镜取石术（pcnl）是治疗完全和部分鹿角状结石的主要方法；胱氨酸结石也是适应证之一。联合应用冲击波碎石（swl）和pcnl似乎是治疗这些大型肾结石的最常用方法。外科医师尽量通过经皮径路取出全部结石，这样可以节省费用。如果结石不能完全取出，则保留肾造瘘管，48小时后再取石。某些复杂肾结石应选择肋骨上径路行pcnl，肋骨上下径路的并发症发生率分别为16.3％和4.5％。因此，采用肋骨上径路要谨慎。
肾下盏结石
肾下盏结石的现代治疗包括：pcnl、swl和输尿管肾盂镜。经皮治疗可使结石完全清除率达到93.6％，而swl的相应值仅为79.2％，41.6％病人需再次治疗。荟萃分析显示，pcnl治疗>2cm的肾下盏结石效果较好。利用液电碎石术（ehl）或通过软输尿管镜应用钬激光碎石术治疗肾下盏结石，与swl相比，体内碎石术较少受肾下极空间解剖的影响。但通过软输尿管镜应用激光碎石治疗>2cm的结石比较费时，所以>2cm的结石应首选pcnl。
远端输尿管结石
输尿管结石可用原位swl治疗，应用第2代或第3代碎石器，结石清除率可达73％～100％。但采用经尿道输尿管镜治疗下段输尿管结石，成功率可达86％～100％。硬性输尿管镜容易安全进入输尿管下段，治疗结石成功率高，合并症少，不需要常规扩张壁内段输尿管。根据结石大小，首先选择套石篮，它创伤小、操作时间短、恢复快。如果结石太大，无法套石或钳夹，应当碎石。
钬激光碎石术
碎石技术包括：超声碎石、气压弹道碎石及较少用的液电碎石。钬激光是另一种重要工具。它采用光导纤维内镜，但软输尿管镜更适用于上输尿管及肾脏结石。不推荐输尿管镜操作后常规使用支架。
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