针对强直性脊柱炎可以停留在任何一个时期和病程可能长达数十年的特点，诊断一经给出就应该给与系统和全面的治疗。治疗方法包括三个方面：
一、物理疗法和体育锻炼
强直性脊柱炎患者应卧硬板床，取仰卧位睡眠。若疾病上行侵犯倒胸椎和颈椎时，应停止用枕头。常用的物理疗法有磁疗、音频治疗、短波、及热疗等，理疗应在有经验的理疗师指导下进行，在脊柱后凸超达20°-40°时，还应增加针对脊柱后凸的牵引按摩治疗。体育锻炼能改善呼吸功能，防止肌肉萎缩，维持骨密度和强度，防止骨质疏松。
二、药物治疗
(一)非甾体类消炎镇痛药物
这类药物起效较快，能在较短时间内控制疼痛，是应用最广泛的药物。常用的品种有双氮酚酸钠、舒林酸、布洛芬等，它们常见的副作用为消化道不良反应。有选择性的环氧化酶ii抑制剂对消化道的安全性较高。
(二)慢性作用药物
常用的有柳氮磺胺吡啶、甲氨喋呤等。这类药物起效较慢，需用药3个月左右才发生作用，所以称之为慢性作用药物。应用这些药物能减缓或阻止病情的发展，其副作用也较多，除了消化道反应外，还可引起白细胞减少、皮疹等，应在医生的指导下使用这类药物，对磺胺药过敏者，禁用柳氮磺胺吡啶。
(三)中成药
中医认为强直性脊柱炎属痹病范畴。病情控制稳定后，可用选用中成药以巩固疗效。
三、手术治疗
强直性脊柱炎患者的脊柱畸形及外周关节受累造成的关节间隙变窄、消失或关节强直，是强直性脊柱炎患者致残的主要原因。手术治疗并不能从根本上治疗强直性脊柱炎，主要目的是改善患者的功能，使他们能生活自理，提高生活质量。人工关节置换是关节屈曲、挛缩、畸形、丧失功能并导致终身残疾者恢复正常生活和工作能力的最好治疗办法。
现有的强直性脊柱炎的手术指征有：
1、对于有严重脊柱畸形的病人的脊柱矫形手术(如胸椎、颈椎截骨术);
2、对髋关节、膝关节活动明显受限者的关节置换或成形术;
3、对少数心瓣膜关闭不全严重者的换瓣术。
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