粘膜扁平苔藓常与扁平苦藓皮肤损害并存或先后发生，仅发生在粘膜亦不少见，尤其在口腔科粘膜病中占有较高比例。在皮肤科常见单独发生在口唇粘膜及龟头部位o
多见于口腔，尤其是颊粘膜，损害特征为树枝状或网状的白色细纹。舌、齿龈、腭及咽喉亦可有类似损害，有时出现白色斑点、斑片、丘疹或斑块，舌乳头萎缩，偶有充血、水肿、糜烂、溃疡、水疱及硬结等持殊型损害。
口唇损害可呈轻皮糜烂及渗出，伴有痛感，有明显的粘着性鳞屑.与红斑狼疮唇部损害相似。
据不同作者报道，约有1%—12.3%的口腔粘膜扁平苔藓发生癌变，癌变多发生于溃疡或浸润变厚的损害。
生殖器粘膜易受累，常见于男性龟头、包皮、阴茎及阴囊，女性为大阴唇内侧、小阴唇、阴蒂、前庭、阴道及子宫颈，其损害形态与在口腔粘膜发生的病变相似，男性损害常呈环状。肛门周围粘膜也可受累。粘膜损害常无自觉症状.或有烧灼及疼痛感，痛感与出现糜烂或溃疡性损害有关。
