男生殖系结核的诊断尚需注意与前列腺癌、淋菌性或非特异性附睾炎以及阴囊内血丝虫病相鉴别。一般无困难，可从病史、化验检查和穿刺活检等资料予以明确。
为进一步提高诊断率，必须对可疑征象不轻易放过，对有结核病接触史或本人曾有结核病史者应首先考虑生殖器结核的可能。
生殖器结核患者中约20%有家族结核病史;50%以上早期曾有过盆器外的结核病，常见者为肺结核、胸膜炎，其次为结核性腹膜炎、结节性红斑及肾、骨结核等。如发现这类病史，须特别警惕本病的可能。因此，对这类病人应仔细查问有关结核病史，进行胸部X线检查。如怀疑生殖器官结核而又缺乏明确体征，则须进一步通过内膜病理检查或细菌学检查辅助诊断方法明确诊断。
部分生殖器结核病人有长期慢性消耗病史，食欲差、消瘦，易于疲劳乏力，持续午后低热几乎即可诊断为附件结核。对于无明显感染病史，病程经过缓慢，一般治疗效果不好的附件炎块应考虑为结核性。
生殖器结核的检查有：
一、实验室检查实验室常规检查对诊断无大帮助。大多数病人白细胞总数及分类基本正常，慢性轻型内生殖器结核的红细胞沉降率加速不如化脓性或淋菌性盆腔炎明显，但往往表示病灶尚在活跃，可供诊断与治疗的参考，因此血沉检查应列为常规检查的项目。
二、胸部X线检查本病绝大多数患者继发于肺部感染，故胸部摄片检查应列为常规检查项目，重点是注意有无陈旧性结核病灶或胸膜结核征象，阳性发现对诊断可疑病人有一定参考价值，但阴性却不应据此否定本病的可能。
三、结核菌素试验标准技术是皮内注射0.1ml结核菌素（纯蛋白衍化物—PPD结核菌素，等于5倍结核菌素单位），在48～72小时内检测皮肤硬肿、红晕大小。皮试阳性说明以往曾有过感染，并不表示试验时仍有活动性结核病灶，参考价值在于提高怀疑指数，特别对强阳性病人，以鉴别是否需要作更特异性检查。要注意的是阴性结果有时也不能完全排除结核病，如受检对象感染严重结核病、使用肾上腺皮质激素、老人、营养不良等。
四、特殊检查生殖器官结核有一半以上内膜组织容易获得。因此，内膜的病理检查以及细菌培养与动物接种均为确诊生殖器结核的方法。病理组织学检查无从辨认，作细菌培养或动物接种却能得到阳性结果，并可借助药物敏感试验了解菌株的耐药性，作为临床治疗时选用药物的参考。因此细菌学检查就显得更为重要。但培养结果受培养基的敏感度，取材时间及材料性质等因素影响，加以培养难度较大，耗时较久（6～8周得结果）使细菌学检查的临床实用价值受到一定限制。目前一般均同时采用上述3种检查，诊断阳性率有明显提高。
五、血清学诊断近年有应用结核杆菌纯化蛋白抗原酶联免疫吸附试验来检测血清中抗纯蛋白衍化物（PPD）的特异性抗体IgG和IgA，国内也已用于临床诊断活动性结核病。此外，间接免疫荧光试验检测病人血清中特异抗体，采用合适的单克隆抗体技术有可能增加对结核菌鉴别的敏感性和特异性。这些技术的问世和推广应用对生殖器结核提供了迅速和敏感的诊断手段。
