主要病原菌为奴卡菌和足菌肿马杜拉菌。根据病原菌不同，足菌肿分为两类：真菌性足菌肿（eumyceticmycetoma）：病原菌包括形成白色颗粒的镰状霉、雷氏枝孢霉、吉林支孢霉、构巢曲霉、黄曲霉、茄病镰孢、罗萨梯新龟甲形菌、假性阿利什霉（异名尖端赛多孢），和形成黑色颗粒的新月弯孢、膝曲弯孢、甄氏外瓶霉、塞内加尔小球腔菌、汤普金斯小球腔菌、足菌肿马杜拉菌、灰马杜拉菌、罗麦卢棘壳孢和麦金诺棘壳孢。放线菌性足菌肿（actinomyceticmycetoma）参见放线菌病。
