囊肿或瘘管内为复层鳞状上皮，偶见其他上皮成分，上皮层外为结缔组织包膜，术中容易分离。囊腔内含有脱落上皮、粘液及脓液，常有胆固醇结晶。
分类 根据鳃裂瘘管的胚胎发育来源不同，可分为以下四种类型：
(一)第一鳃裂瘘管 临床上较少见。其外瘘口多位于下颌角的后下方，靠近胸锁乳突肌上端的前缘、舌骨以上平面的颈侧皮肤上，内瘘口位于外耳道的软骨部或耳廓的前方或后方、鼓室及咽鼓管。瘘管在咽鼓管的下面、腭帆张肌的后面、颈动脉或茎突咽肌的前面走行，有的靠近面神经干走行。
(二)第二鳃裂瘘管 临床上较常见。外瘘口多位于胸锁乳突肌前缘的中、下1/3交界处。瘘管自外瘘口穿通颈阔肌、沿颈动脉鞘上行，穿过颈内、颈外动脉之间，经舌咽神经、茎突咽肌和舌下神经的浅面，到达扁桃体窝上部，内瘘口位于此处。
(三)第三鳃裂瘘管 较少见。外瘘口位于胸锁乳突肌前缘的下部，与第二鳃裂瘘管的外瘘口位置相似。瘘管穿过颈阔肌的深部、穿过颈内动脉的后面，沿迷走神经的浅面上行，跨过舌下神经，止于梨状窝的内瘘口。
(四)第四鳃裂瘘管 少见。外瘘口与第二鳃裂瘘管相似。瘘管穿过颈阔肌深部，沿颈动脉鞘下降到胸部，再自锁骨下动脉或主动脉弓下方上升到颈部，止于食管上端的内瘘口。
