1.按溶血情况分类 根据链球菌在血琼脂平板上溶解红细胞的能力分为甲型(α)、乙型(β)和丙型(γ)链球菌三大类。①甲型(α)溶血性链球菌：产生溶血素，不完全性溶血，在血琼脂平皿上菌落周围有1～2mm的草绿色溶血环，因此又称为草绿色链球菌，包括寄居于口腔的轻型链球菌(Str.mitis)和血链球菌(Str.sanguis)等。甲型链球菌是人类呼吸道及胃肠道的正常寄殖菌，致病力低，但在一定条件下也可引起心内膜炎、泌尿系感染和中枢神经系统感染;②乙型(β)溶血性链球菌：产生溶血素，呈完全性溶血，在血平皿上菌落周围有2～4mm宽、界限分明、无色透明的溶血环，故又称β溶血性链球菌，其致病力强，可引起各种化脓性感染。包括化脓性链球菌(Str.pyogenes)和无乳链球菌(Str.agalactiae)等;③丙型(γ)溶血性链球菌：不产生溶血素，在血琼脂平皿上的菌落周围无溶血环，故又称非溶血性链球菌。此类细菌大多无致病力，存在于乳类和粪便中，其中某些细菌也可致病，例如牛链球菌(Str.bovis)则是细菌性心内膜炎的病原菌之一。
2.按照抗原分类 根据链球菌细胞壁中多糖抗原(C抗原)的不同，可将链球菌分为A～H、K～U19个组，对人类致病者90%属于A组，偶可为B、C、D、G组链球菌。在同一组细菌之间，由于表面抗原化学组成不同，又可将组内细菌分为若干型。
除上述分类方法外，尚可根据链球菌对氧的需要，分为需氧链球菌、厌氧链球菌和微需氧链球菌。
参照链球菌的溶血性、抗原性、生长特点和生化反应等可进行综合分类，如A组β溶血性链球菌即为化脓性链球菌，B组β溶血性链球菌即为无乳链球菌等，几种主要链球菌所致感染或寄殖部位参见表11-28。一些难以根据抗原性分组的链球菌，可参照其生化反应，产酶情况以及DNA杂交技术分类，如近期应用上述方法可将人类草绿色链球菌再分为若干种，如寄殖在口咽部的新菌种Str. crista Str. parasaguis和Str.vestibularus，已知可引致心内膜炎的轻型链球菌、血链球菌、Str.oralis、Str.adjacens、Str.defectivus等17个菌种。
