重叠综合征的预后均决定于其类型。 Ⅰ型OS5年生存率30%，较单一SLE5年生存率(大于70%)明显减低。其死亡原因主要为心血管并发症及中枢神经系统损害，死于肾衰者较少。 Ⅲ型OS的预后决定于以哪一种CTD为主。 Ⅱ型综合征以MCTD为代谢，预后较好，Ⅱ、Ⅲ型死亡较少。
