病因不明，可能与以下因素有关：
①先天性因素：甲舌膜区域为第三咽囊开口，，有人认为侧壁憩室为第三咽囊或第四咽囊的延伸，但也有人对此持反对意见；
②咽内压增高学说：认为与环咽肌和食管功能紊乱及咽内气压增高有关；
③老年性咽壁薄弱：Seaman注意到这种憩室常发生在老年人并视为正常现象，憩室在咽部开口于扁桃体窝，会厌谷和梨状窝，有时呈多发性，最常见类型是咽粘膜穿过甲状舌骨膜与会厌谷在同一平面的梨状窝的前外侧壁凸了形成，甲状舌骨膜没有软骨或骨的支持，咽中缩肌咽下缩肌并不完全覆盖它，喉上血管与喉上神经穿过该区，憩室形成后，其内容物的重量可使憩室逐渐增大。