恶性葡萄胎的真正发生原因尚不清楚，以下为可能因素：
年龄因素（25%）：
恶性葡萄胎的真正发病原因不明。病例对照研究发现恶性葡萄胎的发生与营养状况、社会经济及年龄有关。病因学中年龄是一显著相关因素，年龄大于40岁者葡萄胎发生率比年轻妇女高10倍，年龄小于加岁也是发生完全性葡萄胎的高危因素，这两个年龄阶段妇女易有受精缺陷。部分性葡萄胎与孕妇年龄无关。
遗传因素（30%）：
通过细胞遗传学结合病理学研究证明两类恶性葡萄胎各有遗传学特点。恶性葡萄胎的染色体基因组是父系来源，即卵子在卵原核缺失或卵原核失活的情况下和精原核结合后发育形成。