男生殖系结核的诊断一般并不困难，主要是根据上述的临床表现和阴囊部位体检和直肠指检。
前列腺和精囊的肿大不规则，有结核结节以及附睾部的结节和输精管的增粗串珠等体征均可确立诊断。
附睾病变而与阴囊粘连并溃破形成慢性窦道者，则更能明确为结核病变少数诊断不能明确者可作精液培养或涂片检查结核杆菌，以及前列腺液结核杆菌检查，虽阳性结果机会较少但这一检查仍有参考价值。
Ｘ线检查有时可见前列腺部有钙化现象。
精囊造影虽可显示输精管精囊病变，有输精管狭窄梗阻，精囊显影不规则扩张、破坏等变化，但往往这些病例由于病变梗阻而使造影剂不能通过显影不成功，因此实际应用价值不大。
男生殖系结核的诊断尚需注意与前列腺癌淋菌性或非特异性附睾炎以及阴囊内血丝虫病相鉴别。一般无困难，可从病史化验检查和穿刺活检等资料予以明确。
诊断男生殖系结核时必须重视与泌尿系的关系。
可能同时存在肾结核而未出现泌尿系症状，男生殖系结核是唯一的线索因此都需要常规作尿结核杆菌的各种检查，必要时作泌尿系的系统性检查，得以明确
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