应从控制传染源、切断传播途径和增进人体抵抗力三方面着手：
(一)早期发现病人和带菌者，及时隔离和彻底治疗
是控制菌病的重要措施。从事饮食业、保育及水厂工作的人员，更需作较长期的追查，必要时暂调离工作岗位。
(二)切断传播途径
搞好“三管一灭”即管好水、粪和饮食以及消灭苍蝇)，养成饭前便后洗后的习惯。对饮食业、儿童机构工作人员定期检查带菌状态。一发现带菌者，应立即予以治疗并调离工作。
(三)保护易感人群
可口服依莲菌株活菌苗，该菌无致病力，但有保护效果，保护率达85%～100%。国内已生产多价痢疾活菌苗。