最主要的原因之一是内分泌和代谢性疾病，包括糖尿病 、高钙血症 、低钾血症 、卟啉病、甲状腺功能减低、全垂体功能减退、甲状旁腺功能亢进、假性甲状旁腺功能减退、嗜铬细胞瘤 、胰高血糖素瘤 。上述其他代谢性和内分泌疾病则主要是影响平滑肌功能而引起继发性便秘。
神经系统疾病也与便秘有关。中枢神经系统(CNS)疾病与便秘关系最密切，神经调节的中断是引起便秘的原因。包括记住损伤(如车祸、高空坠落等)马尾肿瘤、腰椎间盘疾病、脊柱结核、多发性硬化 症、帕金森病 、中风 和脑肿瘤。截瘫可以造成排空迟缓。帕金森病使肛门外括约肌矛盾收缩引起排便梗阻。多发性硬化症患者有便秘症状，周围神经系统疾病如自主神经疾病、神经纤维瘤 、神经节瘤等都与便秘发生有关。
肠神经系统(ENS)的疾病也会引起便秘，如先天性巨结肠 (Hirschsprung病)，其肠神经系统的正常发育停滞并有一段长度不等的结肠缺少神经节细胞。由于肠肌间神经丛缺少这些神经节细胞，阻碍了结肠的正常蠕动和肛门内括约肌对直肠扩张的反射性松弛。神经源性的慢性假性肠梗阻 和长期滥用轻泻剂引起的便秘的原因业余损害肠神经系统有关。