本病的病因较为复杂，从病理上来看，本病缺乏特异性组织学改变和炎症细胞反应,说明使用纤维肌痛化"纤维织炎"或"纤维肌炎"等旧名称更恰当。
全身性病变（45%）：
本病可以是全身性病变(有时继发于其他病变),也可以是局限性的(如肌筋膜痛综合征常与劳损或轻微外伤有关).原发性纤维肌痛综合征 (PFS)是全身性特发性疾病,特别多见于健康的年轻和中年女性,具有紧张,抑郁,忧虑和努力奋斗型的倾向,但也可发生在儿童(尤其是女孩)或老年人,常伴轻微的椎骨骨关节炎 的改变.男性尤其容易发生特殊的职业性或娱乐性肌肉劳损所致的局限性纤维肌痛。
环境和精神因素（30%）：
由于周围环境和精神上的压力,或者由于医生不能很好地解除患者的忧虑,而只简单地斥之为"全是你的头脑作祟"等等,均能使症状加重。
心理和生理（15%）：
少数病例可能与心理和生理学异常有关。