病毒感染（35%）：
由于远端回肠的淋巴引流十分丰富，回肠，大肠区淋巴结多，上呼吸道感染或肠道感染后，病毒，细菌及其毒素沿血循环到达该区淋巴结，引起肠系膜淋巴结炎，病毒感染者表现为肠系膜淋巴结增生，水肿 ，充血，但培养为阴性。
细菌感染（30%）：
沙门菌感染引起的肠系膜淋巴结炎不同于病毒性淋巴结炎，细菌侵及的淋巴结多表现为淋巴结内急性炎症反应，出血及坏死，淋巴结内可分离出沙门菌。
发病机制
小儿肠系膜淋巴结沿肠系膜动脉及其动脉弓分布，十分丰富，回肠末端和回盲部尤著，小肠内容物常因回盲瓣的作用，在回肠末端停留，故肠内细菌及病毒产物易在该处吸收。