雌激素不足（40%）：
本病的发病原因尚未清楚阐明，由于其多发于绝经 后女性，故一般认为与雌激素水平降低有关，有报道指出雌激素不足导致的尿道脱垂可能是演化为尿道肉阜的第1步。
慢性炎症刺激（35%）：
局部的慢性炎性刺激亦可能导致尿道黏膜外翻，尿道口周围上皮细胞增生，炎性细胞浸润及小静脉曲张等从而形成肉赘样病变，尿道肉阜可能还与滴虫病，结核，肠异位，尿道处女膜融合有关，但是相关研究很少，尿道肉阜在绝经前及青春期女性中很少见，但也曾有2岁幼女即发生尿道肉阜的报道，另外，国内外均有男性尿道肉阜的个案报道。
发病机制：
尿道肉阜通常很小，但也可达1～2cm，多见于尿道口后唇约6点处，尿道口其他部位少见，极少数可发生于尿道内，多数基底较宽，有的带蒂，镜下观察尿道肉阜看上去像是被鳞状或移行上皮覆盖的肉芽组织床，可见大量扩张的毛细血管及纤维，上皮组织的包绕可形成乳头状结构，炎症性浸润很常见，根据其炎性细胞浸润，纤维化及静脉曲张的不同程度，可分为3种类型：即乳头状瘤型，血管瘤 型及肉芽肿型。