细菌感染
原发于骨骺干骺端，细菌和菌素浸润，弥漫，发生骨质溶解坏死，形成干酪样物质，伴有结核性肉芽组织，干酪样物质溶解液化成结核脓汁，出现骨质破坏性空洞(含有脓汁及死骨)，于是脓汁进入关节腔，出现滑膜改变，发生全关节结核。
关节滑膜异常
发展缓慢，可数月或数年后出现骨破坏，发病之初，滑膜结核性炎症，充血，增生，肥厚，结核肉芽结节，产生浆液性渗出，关节积液，纤维素沉着成为纤维素块，结核性脓汁形成，侵犯关节边缘骨质(软骨下潜行性破坏，软骨坏死脱落)，骨质破坏，导致全关节结核。
关节积脓可穿破关节，形成结核窦道或瘘管，进而继发性感染。
解剖因素
肱骨解剖颈，肩胛关节盂常为受侵部位，关节内充满结核性肉芽组织，儿童病变可累及整个肱骨的干骺端，肱骨头上由许多小的散在病灶融合成巨大的纤维性干酪腔，使肱骨头变形，关节囊挛缩，关节纤维性强直，常出现关节运动受限。
肩关节发病后，关节囊周围肌肉如三角肌与冈上，下肌可迅速发生失用性萎缩，少数病例，因长期患肢下垂，引起肱骨头半脱位，如病变破坏了儿童肱骨上端骨骺，将来可发生短肢畸形。
有时邻近部位(如肩峰或肩峰下滑囊)结核蔓延也能侵犯肩关节，锁骨上窝，腋窝或腋前淋巴结结核，偶尔并发肩关节结核。