精神因素（30%）：
研究认为，本病症状发作或加重均与情绪紧张有关，焦虑、抑郁、激动、恐惧等情绪不安因素刺激机体，影响了植物神经功能，从而引起结肠和小肠的运动功能改变及分泌功能的失调。
遗传因素（30%）：
肠易激综合症有明显的家族集聚倾向。国外33%的患者有家族史，国内与此接近，而且同一家族中肠易激综合症患者的临床表现雷同。
感染因素（25%）：
约1/4肠易激综合症患者的症状起自胃肠炎、痢疾或其它直接影响胃肠功能的疾病。研究认为各种细菌、病毒感染因素可引起肠粘膜下巨细胞或者其它炎性细胞所释放的细胞因子，可能引起肠道功能紊乱而发生肠易激综合症。
饮食因素（15%）：
食物本身并不引起肠易激综合症。肠易激综合症患者可因乳糖酶缺乏发生乳糖类消化不良，很多病人可因进食或刺激性食物发作，可能对某种或多种食物不耐受，致使肠腔扩张和肠蠕动正常功能发生紊乱而发病。