细菌感染（45%）：
MTB主要经口传染而侵入肠道，患者常为开放性肺结核 ，由于吞咽了自身含有MTB的痰液而致病，或者经常与开放性肺结核病人共餐，缺乏必要的消毒隔离措施从而致病，少数情况下饮用未经消毒的含有MTB的牛奶或乳制品也可引起原发性肠结核。
疾病因素（32%）：
粟粒型结核时，MTB可经血行播散而引起肠结核。腹腔内结核病灶，如女性生殖器官结核和肾结核 直接蔓延可引起肠结核。
然而上述途径获得感染仅仅是致病条件，只有当入侵的MTB数量多，毒力强，而人体免疫功能降低，肠道功能紊乱，局部抵抗力降低时才会发病。