自身免疫（25%）：
关节软骨表面能阻止抗胶原抗体进入软骨深层组织而对其有保护作用，在关节软骨损伤病人的关节液中发现有抗Ⅱ型胶原的抗体，免疫荧光方法检查髌骨软化症患者的病变标本，发现软骨组织损坏区域及残存的软骨细胞上有免疫球蛋白IgG，IgA，IgM和补体C3 附着，由此推断在软骨损伤过程中有自体免疫反应参与。
软骨营养障碍（20%）：
各种致伤因素( 特别是机械刺激) 使关节液的分泌及其成分( 如酶的活性，各种营养物质的含量，关节液的渗透压等) 发生异常变化， 影响髌软骨正常的营养和生理生化过程，促使软骨变性而发病，由于关节骺软骨复合体中骺软骨的生存力高度依赖于软骨血管的血流供应，故血供不足也是髌骨软化症的病因之一。
软骨溶解（18%）：
关节滑膜受伤后渗透压改变，血浆中的酶进入滑液增多，活性增强，进而溶解软骨，我国学者亓建洪发现：
①髌骨软骨软化过程中，软骨细胞合成大量的胶原酶并释放到软骨基质中造成严重破坏；
②胶原酶含量与应力降低的髌骨内侧面软骨变性的严重程度呈正相关。
因此，胶原酶在接触应力降低的髌骨内侧面软骨软化过程中起重要作用，目前，多数学者倾向于认为髌骨软化症是多种因素综合作用的结果，各种因素致髌股关节压力改变是外因，自身免疫反应，软骨营养障碍是髌骨软化症发生的内因。