治疗宜清热利湿，解毒化浊。常用方药如下：
石菖蒲20g 车前子10g 黄柏10g 白术10g 丹参30g 莲子心10g 败酱草30g 忍冬藤30g 土茯苓30g 生甘草10g。如疼痛明显者，可加入白花蛇舌草30g，马鞭草30g;如分泌物多时，可加入木通10g，泽泻1.0g。
本方既有清热除湿的车前子、莲子心，又有解毒化浊的石菖蒲、黄柏、败酱草、忍冬藤、土茯苓、生甘草等。
气血瘀阻型菌性尿道炎症状常见有小便淋漓不畅，或尿道口有秽浊之物流出，或带下异常，小腹胀痛，舌暗，苔白，脉弦细。这是由于久病入络，或由于湿热之邪阻滞经脉，气血瘀阻所致。治疗宜行气活血，化浊止痛。常用药物为膈下逐瘀汤加减：当归10g 川芎10g 赤芍10g 桃仁10g 枳实10g 元胡10g 五灵脂10g 乌药10g 香附10g 牛膝10g 土茯苓30g 滑石20g 生甘草10g。如尿痛明显者，可加入白花蛇舌草30g，淡竹叶10g。本方当归、川芎、赤芍、桃仁、五灵脂均具有活血化瘀的作用，枳实、元胡、乌药、香附理气行滞，土茯苓、滑石、生甘草解毒利湿。
脾肾亏虚型菌性尿道炎症状为小便淋漓不尽，遇劳即发，或尿道口有白浊之物，女性白带量多，腰膝酸软，大便溏薄，舌质淡，脉软。这是由于久病失治误治，伤及脾肾。治疗宜健脾补肾，利湿化浊。常用方药为四君子汤合六味地黄丸加减：党参10g 黄芪30g 白术10g 茯苓30g 山药30g 山茱萸10g 熟地10g 泽泻10g 丹皮10 g 牛膝10g 忍冬藤30g。本方党参、黄芪、白术、茯苓、山药均有健脾利湿的作用;山茱萸、熟地补肾;泽泻、丹皮、牛膝、忍冬藤利湿、活血、解毒。
