临床上注意与以下疾病鉴别：
1.皮肌炎 也可表现为面部红斑，甚至表现为面部蝶形红斑、肌无力、肌痛，但多数病例有血肌酶升高，肌肉活检有特异性炎症。
2.类风湿关节炎 RF阳性，补体水平正常或升高，抗ds-DNA抗体阴性及抗Sm抗体阴性，且X线骨关节特征性变化与SLE不同。
3.结节性多动脉炎 临床表现也是变化多端、多系统损害，但其自身抗体检查多为阴性，组织病理改变也与SLE显著不同。
4.混合结缔组织病只有多系统损害的特征，但少有中枢神经系统、肾脏及心脏损害，手和面部皮损具有硬皮病改变的特征，RNP抗体滴度显著升高(>1∶500)，病程长，对激素治疗特别敏感，预后也好。
