肺真菌病可并发自发性气胸及脓胸等，曲霉菌支气管肺炎反复发作后晚期可致肺纤维化、支气管扩张及肺气肿等并发症。少数免疫功能低下者，可播散到淋巴结、皮肤、肝、脾、肾、骨关节及脑脊膜等各种器官而引起相应的损害和并发症。
