第三脑室肿瘤侵及邻近脑组织时发生相应的局灶症状，由于肿瘤所在部位及发展方向不同，其表现也不一样，最常见者为下丘脑损害症状，它包括有内分泌代谢机能失调，如性机能的改变、肥胖性生殖无能营养不良综合征以及水盐代谢障碍，在临床上表现为性欲减退、阳萎、月经不调或停经，在儿童发病者可出现性早熟。
由于下丘脑与脂肪代谢有关，因此可致脂肪异常分布而发生肥胖，有的病人出现尿崩症。当食欲中枢受侵犯时出现厌食，偶有食欲亢进者。在疾病过程中少数病人出现嗜睡。肿瘤向后发展使中脑、四叠体受损的病人出现上视困难、听力减退及动眼神经麻痹。
第三脑室肿瘤常影响海马-丘脑-下丘脑及乳头体之间的联系，病人可有记忆力的减退和精神变化。当肿瘤压迫脑干影响其血液供应时将出现双下肢肌力减退，病人有腿软跌倒之情况。第三脑室前部肿瘤由于视神经、视交叉受侵犯而产生视力减退和视野缺损，少数病人有间脑性癫痫发作，临床上表现为恶心、呕吐、出汗、面色潮红、瞳孔变化、心悸等植物神经症状。
