扁桃体癌的发病原因与吸烟、过量饮酒等因素对其粘膜的刺激有关。此外，扁桃体粘膜角化症、白斑以及由各种原因所致的局部瘢痕等也可能诱发癌变。扁桃体癌的发病具有一定的性别倾向性，男性发病率要高于女性，这样的比率在年老患病者的身上表现的更明显。导致扁桃体癌的发病原因中，长的饮酒、吸烟，以及吸入有害的刺激性气体，占了很重要的位置。主要是由于，扁桃体受到侵袭后其黏膜变得充血、水肿，比较轻易发生癌变。
