先天性巨结肠患儿可用肛门直肠测压法检查，方法是将气球置肛门壶腹部充气，可见随内压的上升正常小儿的内括约肌开始松弛，而巨结肠患儿的内括约肌紧缩，无松弛反射。先天性巨结肠患儿的其他辅助检查为：
1、X线钡灌肠检查
以少量钡剂灌肠后拍正侧位片，可显示典型的痉挛肠段和扩张肠段;移行区呈锯齿状变化，是因为强烈的肠蠕动使钡灌肠影呈现不规则的收缩环，钡剂不能排空。
2、直肠活检
对拟诊为巨结肠而X线检查未能确诊的新生儿，还可作直肠活检，协助诊断。目前活检主要有两种方法：
1、组织形态学方法，观察神经节细胞和节前纤维的变化。
2、组织化学检查，主要是测定乙酰胆碱酯酶的活性。
