防蚊、灭蚊为主要预防措施。各种减毒病毒疫苗（麻疹、流行性腮腺炎、风疹等）已明显减少了这些病毒感染性疾病的中枢神经系统合并症。乙脑疫苗可预防虫媒病毒脑炎。但是对于本病没有针对性的疫苗，所以重点是进行蚊虫预防为主，减少或消灭蚊虫能够有效减少本病的感染，这个是最重要的预防措施。
