间质性膀胱炎（IC）的病因迄今仍不十分清楚，有以下假说：
1、血管、淋巴管阻塞
曾设想膀胱纤维化是由于盆腔手术或感染引起膀胱壁内淋巴管阻塞和引起栓塞性脉管炎或由于血管炎所致持久性小动脉痉挛所致，但缺乏足够的证据。
2、感染
曾提出过细菌、病毒或真菌感染可能是IC的病因，但还没有在IC患者中检出上述3种病原体的报道。
3、神经体液因素
肥大细胞在IC病人膀胱固有膜和逼尿肌中增多，寒冷、神经肽、药物、创伤、毒素等可活化肥大细胞，释放血管活性物质可致敏感觉神经元，后者进一步通过释放神经递质或神经肽活化肥大细胞；肥大细胞也可直接引起血管扩张或膀胱黏膜损害引起炎症。
4、免疫因素
该病对皮质醇治疗反应良好，部分病人血中可检测到抗膀胱黏膜抗体。不少学者还发现对血管抗原产生的自身免疫性抗体或免疫复合物沉积在血管壁激活补体系统参与了IC发病。
5、黏膜通透性
推测IC是由膀胱上皮的功能不良引起，其通透性增加并使尿液通过移行上皮漏入到膀胱壁，引起膀胱炎症。有人证实IC病人膀胱表层上皮内TH蛋白增多，提示黏膜的通透性增加。
