衣原体感染能够引起许多疾患。其中对泌尿系统的感染常被称为非淋菌性尿道炎。在非淋的病原体检测中，沙眼衣原体的发现率占到了40％-60％。
男性非淋菌性尿道炎(NGU)最常见的病原菌是沙眼衣原体。在美国异性恋男性中沙眼衣原体阳性率达40％，每年约有60万男性患者呈持续性或复发性NGU，同时发现沙眼衣原体宫颈炎妇女其男性性伴侣的感染率为42％，患衣原体尿道炎的男性其女性性伴侣的感染率为62％，无症状的沙眼衣原体感染在性活跃的男人间传播率更高。
引起男性不孕症的因素很多，但最近发现从无生殖力的脓性精液及男子性腺活检标本中分离出沙眼衣原体，进一步提示和证明了沙眼衣原体引起男性不孕症的可能性。有人对淋病感染症的男性患者进行观察，发现体内有高效价的抗衣原体抗体，衣原体阴性淋菌尿道炎者亦有高价抗衣原体抗体，并发现65-85％的非淋菌性尿道炎是由沙眼衣原体引起。
附睾炎是男性NGU最主要的并发症，在年轻的性活跃的男性附睾炎患者中，45-60％是由沙眼衣原体引起。大多数病人有尿道症状或体征，尿道标本和附睾吸取液中可分离到衣原体。
沙眼衣原体性子宫颈炎在女性衣原体感染中最多。因为感染只发生于子宫颈的柱状上皮，而不感染阴道的鳞状上皮，故不造成阴道炎。英国去性病门诊就医的妇女衣原体培养阳性率为20-30％，微量免疫荧光法检测血清抗体达60％。淋病患者的宫颈炎标本衣原体阳性率为30-35％，伴不典型宫颈炎或无症状衣原体宫颈感染为3-5％，说明衣原体隐性感染率和混和型感染率相当高，对宫内避孕器的应用者进行测定，发现由避孕器引起的盆腔炎症中大部分是由衣原体感染所致。在男性NGU患者配偶的宫颈中有30-60％分离出衣原体。在与感染的男性性交后约33-49％的宫颈衣原体感染的阳性患者并不表现任何症状，但持续存在于宫颈基层上皮细胞内的衣原体抗原可干扰宿主细胞DNA使之发生恶变。
研究表明，在腹腔镜直视下采取受侵输卵管液检查中发现衣原体阳性率在30％左右、并发现，有40％左右的输卵管炎是由沙眼衣原体引起的，且衣原体感染的孕妇容易发生流产，而流产后多数又引起输卵管炎。许多临床衣原体感染的妇女数年后出现不孕或宫外孕、并发现输卵管梗阻所致宫外孕，宫外孕和生育力低下者中沙眼衣原体抗体阳性占81％。
沙眼衣原体的感染可引起男、女性急性尿路综合症，在发达国家，沙眼衣原体引起的女性尿道炎的趋势正在不断地增加，并且正在年轻化，应引起全社会的关注。
我国沙眼衣原体感染属于近年的事，由于临床上较多的泌尿生殖系感染查不出病因，故引起专家们对衣原体感染的临床研究。从1989年我国从14例性乱妇女宫颈标本中分离培养出沙眼衣原体以来，越来越多的研究表明在性活跃期的性乱及正常家庭中，沙眼衣原体的泌尿生殖道感染率在5-25％之间，特别是家庭成员之间的传播更应引起重视，不少儿童性NGU是由沙眼衣原体的感染引起的。
应该说明一点：当今有些所谓NGU与性行为并无关系，如医源性感染(尿道插管、膀胱镜以及外伤或化学性刺激等)。还有所谓NGU并非是由衣原体性微生物所致，在含义上应该与NGU加以区别，因为病原体不同，而传播途径也有所不同，故医生在诊治中要心中有数。
