１．溃疡。引起溃疡的发病率为２％～５４％，食道柱状上皮受酸性消化液腐蚀可以发生溃疡，出现类似胃溃疡的症状，疼痛可放射至背部，并可引起穿孔、出血、浸润、溃疡愈合后发生狭窄，出现下咽不畅的症状。甚至可穿透主动脉导致大出血而迅速致死。
２．狭窄 食道狭窄是Ｂａｒｒｅｔｔ食道最常见的并发症，发生率为１５％～１００％。狭窄部位多于食道中上段的鳞－柱状上皮交界处，而胃食道反流引起的狭窄多位于食道下段。反流性食道炎的发生率为２９％～８２％。病变可单独累及柱状上皮，也可同时累及鳞状和柱状上皮。
３．恶变 Ｂａｒｒｅｔｔ食道中发生癌肿的发生率不甚确切，长期反流物进入Ｂａｒｒｅｔｔ食道可能起恶变作用。但有研究认为Ｂａｒｒｅｔｔ食道病病人施行了抗反流手术亦不能使这些柱状上皮消退，亦不减少恶变的危险性。
４．胃肠道出血。表现为呕血或便血，并伴有缺铁性贫血，发生率约为４５％，其出血来源为食道炎和食道溃疡。
