甲状腺肿瘤主要是根据其病理年龄等原因进行分期，而临床治疗主要是根据其分期采用以手术为主的个体化综合治疗。
单侧乳头状腺癌应行患侧甲状腺及峡部全切，或加对侧甲状腺次全切，双侧或者是中晚期乳头状癌者行甲状腺全切除或者是近全切除手术。如果出现颈部淋巴结转移，则应该对患者进行患侧颈部淋巴结清扫，现在临床多用改良式颈部清扫术或者是选择性颈部清扫术。
滤泡状腺癌早期手术方式和乳头状腺癌一样，但对于已经发生远处转移的滤泡状腺癌可行甲状腺全切，术后辅助放射性碘治疗。除非颈部淋巴结转移至此，一般不做颈部淋巴结清扫术。
以上两类癌术后应该口服甲状腺激素行抑制治疗，使血TSH浓度接近正常值下限，减少可能存在的残余癌细胞复发。
未分化癌以外放射治疗为主，并口服补充甲状腺素，有压迫症状则手术治疗。
髓样癌可行患侧甲状腺及峡部全切，对侧甲状腺次全切或者是甲状腺全切除术，如有颈部淋巴结转移，可以同时行颈部淋巴结清扫术。
