直肠炎一般最常见的检查是电子肛肠镜采用医用视频及摄像技术，医患双方在检查过程中可同时清晰的观察到放大数十倍的病灶部位。帮助患者了解病情选择治疗方案，避免因传统人为检查带来不足而造成病情延误。同时可将病灶锁定后打印成像，为治疗前后进行比较提供可靠依据。这也是它相对于其他检查的优势之处。
还有两种检查也是可行的。一种是淋球菌培养为诊断的重要佐证，培养法对症状很轻或无症状的男性、女性病人都是较敏感的方法，只要培养阳性就可确诊。在基因诊断问世以前，培养还是世界卫生组织推荐的筛选淋病的唯一方法。
另一种是涂片检查是取患者尿道分泌物或宫颈分泌物，作革兰氏染色，在多形核白细胞内找到革兰氏阴性双球菌。涂片对有大量脓性分泌物的单纯淋菌性前尿道炎患者，此法阳性率在90％左右，可以初步诊断。咽部涂片发现革兰氏阴性双球菌不能诊断淋病，因为其他奈瑟菌属在咽部是正常的菌群。另外对症状不典型的涂片阳性应作进一步检查。
