本病病原体种类很多，以柯萨奇A组病毒(1～6、8、10、22)、疱疹病毒、EB病毒较多见。劳累过度、过敏体质、气温突变、身体受凉等刺激，使身体免疫能力低下，易患此病。疱疹性咽峡炎是一种常见的传染性疾病，以婴幼儿患者最常见。
主要通过飞沫、唾液、及疱疹液直接接触传播。病毒自鼻咽、口腔侵入至呼吸道及消化道局部黏膜，在黏膜上皮细胞，以及咽部或肠壁淋巴组织居留和增殖。病毒由原发灶经淋巴通道扩散至局部淋巴结，或进入血循环产生病毒血症，到达全身各脏器，引发各种病变。
纯洁疱疹性咽峡炎是由纯洁疱疹性咽峡炎病毒感染引起，人体是其唯一宿主。当机体抵抗力降低时，促使本病出现。病理上风头为表皮内水疱、表皮坏死、多核上皮巨细胞、嗜酸性核内包涵体和中性白细胞及淋巴细胞炎症浸润；带状疱疹性咽峡炎则是由体内埋伏的水痘-带状疱疹病毒被激活后引起的。
