1.诊断主要基于临床典型皮疹。其它检查方法如下。 中国医学健康网1.皮损细胞学涂片 取皮损行瑞特或姬姆萨染色显微镜下寻找细胞浆内包涵体。包涵体将表皮细胞核挤压到细胞一侧呈半月状。
2.皮损组织病理学检查 病变主要在表皮。表皮向下增生，呈多个小叶状，许多表皮细胞内含有胞浆包涵体。在真皮内通常很少或无炎症反应，但如软疣小体破入真皮，则可出现明显炎症反应，主要为淋巴细胞、多形核白细胞、巨噬细胞。
3.检测血清特异性抗体 目前临床仍未采用。
4.荧光抗体检测传染性软疣抗原 临床仍未采用。
5.其它STD检测 应筛选评估感染其它STD。
6.根据本病的临床上有蜡样光泽的圆形或半球形丘疹，中央脐凹状，可挤出干酪样物与组织病理具有特征样，易于诊断。生殖器部位损害有性活跃年青者，应检查有地性病。较大皮损应与基底细胞癌，角化棘皮瘤鉴别。
传染性软疣是由一种只感染给人类的 DNA 病毒引起的。皮疹可以发生在身体的任何部位，小丘疹逐渐增大至绿豆大小，呈半圆型，质地饱满，无痛痒，呈皮肤色，灰白色或珍珠色，如同小水珠. 故又称为水疣。
