急性肾盂肾炎大多起病急且病情重。应根据病人症状体征的严重程度决定治疗方案。鉴于肾盂肾炎多由革兰阴性菌引起，故一般首选革兰阴性杆菌有效的抗生素，但应兼顾治疗革兰阳性菌感染。
(1)轻度和中等度严重的肾盂肾炎：因引起急性肾盂肾炎的主要细菌是革兰阴性菌，以大肠埃希杆菌为主，因此初发的急性肾盂肾炎可选用口服有效抗菌药2周。常用抗菌药为磺胺甲唑/甲氧苄啶(复方磺胺甲基异恶唑)、新喹诺酮类、阿莫西林(羟氨苄西林)等。如果磺胺过敏可采用阿莫西林0.5g，4次/d，或诺氟沙星0.4g，2次/d，口服，疗程均为14天。近年来，新喹诺酮类效果良好，一般2～3天即显效，不需按药敏结果更换药物。如无好转应参考药敏试验更换抗生素。在14天疗程后，通常尿菌的阴转率可达90％左右。如尿菌仍阳性，应选强有力的抗生素联合使用治疗4～6周。
(2)临床症状严重的急性肾盂肾炎：宜采用肌内或静脉给予抗菌药物。宜用氨苄西林6～8g/d，或头孢噻肟(cefataxime)6g/d，静脉滴注。必要时二药联合应用。氨基甙类抗生素肾毒性大，应慎用，对原有慢性肾脏病或老年应尽量避免使用。经过上述治疗后，如病情好转可于退热后继续用药3天再改口服抗生素，以完成2周疗程。如未能显效，应按药敏结果更换抗生素。
