肛瘘在短期之内一般不会对患者的身体造成较大的影响，但若是长期存在的情况下，非常有可能引起并发症，并且引起并发症的几率要比其他肛肠疾病大的多，因此要有足够的重视。下面就肛瘘的主要危害进行总结：
第一，久而久之可以使身体虚弱消瘦、精神不振、抗病能力下降，出现贫血，发作亦越加频繁，形成互为因果。
第二，由于多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括肌间隙蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来了困难，而且也影响到肛门的正常生理功能。
第三：脓水污染内裤，剧烈活动后可促使脓汁外溢，局部经常受到刺激，皮肤磨擦、瘙痒，非常痛苦，影响工作和学习，久而久之可使身体虚弱消瘦，精神不振。
第四：肛瘘易波及其他器官。由于多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来了困难，而且也影响到肛门的正常生理功能。
第五：肛瘘的多发性，可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀肤瘘，危及周围脏器。并且肛瘘有恶变倾向。
第六：降低抗病能力。身体自身免疫力下降，各种疾病会趁此间隙“蜂拥而至”。
肛瘘初期的症状非常容易被患者忽视，但若是能初期初期能及时治疗的情况下，基本上所有的患者都可以取得良好的治疗效果，但若是后期的肛瘘，或者是反复复发的肛瘘，建议以手术的方式进行治疗。
