主要见于男性同性恋，占40％。妇女则多由阴道自身感染所致，占35％～50％。直肠淋菌感染症状可仅仅有肛门瘙痒，无痛性黏液样脓性分泌物，或少量出血，也可表现有里急后重，有脓性便，肛管黏膜充血，脓性分泌物，淋球菌培养阳性，男性同性恋多无临床症状，分离出的淋球菌多为耐药菌株，这可能是由于某些高度敏感的菌株迅速被大便中胆盐或脂肪酸杀死，这类淋球菌耐胆盐和脂肪酸，染色体内常带有耐多种药物的耐药基因，治疗较困难。
