流行性感冒往往伴随的并发症有细菌性肺炎，其他病菌感染所致肺炎，其他病毒性肺炎，Reye综合症（瑞氏综合症），心脏损害，神经系统损伤，肌炎和横纹肌溶解综合症。
细菌性肺炎
发生率为5-15％。流感起病后2-4天病情进一步加重，或在流感恢复期后病情反而加重，出现高热、剧烈咳嗽、脓性痰、呼吸困难，肺部湿性罗音及肺实变体征。外周血白细胞总数和中性粒细胞显著增多，以肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌，尤其是耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（methicillin-resistant staphylococcus aureus，MRSA），肺炎链球菌或流感嗜血杆菌等为主。 其他病原菌感染所致肺炎 包括衣原体、支原体、嗜肺军团菌、真菌（曲霉菌）等，对流感患者的肺炎经常规抗感染治疗无效时，应考虑到真菌感染的可能。 其它病毒性肺炎 常见的有鼻病毒、冠状病毒、呼吸道合胞病毒、副流感病毒等，在慢性阻塞性肺部疾病（chronic obstructive pulmonary disease,COPD）患者中发生率高，并可使病情加重，临床上难以和流感病毒引起的肺炎相区别，相关病原学和血清学检测有助于鉴别诊断。 Reye综合征（瑞氏综合征） 偶见于14岁以下的儿童，尤其是使用阿司匹林等水杨酸类解热镇痛药物者。主要表现为退热后出现恶心、呕吐、继之嗜睡、昏迷、惊厥等神经系统症状，肝大，无黄疸，脑脊液检查正常。发病机制不清楚。 心脏损害 心脏损伤不常见，主要有心肌炎、心包炎。可见肌酸激酶（creatine kinase，CK）升高、心电图异常，而肌钙蛋白异常少见，多可恢复。重症病例可出现心力衰竭。 神经系统损伤 包括脑脊髓炎、横断性脊髓炎、无菌性脑膜炎、局灶性神经功能紊乱、急性感染性脱髓鞘性多发性神经根神经病（格林巴利综合征，Guillain-Barre syndrome）。 肌炎和横纹肌溶解综合征 在流感中罕见。主要症状有肌无力、肾功能衰竭，CK升高。
