手术彻底切除囊肿或瘘管是根治甲状舌管囊肿或瘘管的主要方法，若发生癌变，可以进行中医辨证治疗。
肝气郁结
证候：精神抑郁，胸闷胁痛，烦躁易怒，乳房胀痛，月经不调，甲状腺肿大如核桃，情志改变可使症状加重。舌红，苔薄，脉弦。
治法：疏肝理气，软坚散结。
主方：基础方合逍遥散加减
气郁痰凝证
证候：颈前肿块，质地坚硬，凹凸不平，精神抑郁，胸闷胁痛，烦躁易怒，或见乳房胀痛，月经不调，舌红，苔薄，脉弦。
治法：疏肝解郁、软坚散结。
主方：逍遥散
加减：可选加昆布、海藻、夏枯草、浙贝母、郁金等。
痰湿瘀滞证
证候：颈前肿块，质硬不活动，表现凹凸不平，胀硬刺痛，胸闷纳呆，口腻恶心，肢体倦怠，大便溏薄，舌体淡胖或紫暗，苔白腻，脉濡滑。
治法：燥湿化痰、行气化瘀。
主方：参苓白术散
加减：可加法夏、昆布、夏枯草、浙贝母、海藻等。
瘀血阻滞证
证候：颈前肿块较大，质硬凹凸不平，推之不移，甚至溃流血水，声音嘶哑，饮食难下，身倦体瘦，舌质紫暗或有瘀点，脉弦涩。
治法：化瘀散结。
主方：四逆散合桃红四物汤
加减：可加三棱、莪术、石见穿等。
热毒蕴结
证候：颈前瘿瘤迅速增大，表面凹凸不平，局部灼热作痛，伴呼吸不畅，吞咽不利，声音嘶哑，口苦咽干，烦躁易怒，头痛颈痛，咳嗽痰黄，胸闷胁痛，大便干燥，小便黄等。舌绛苔黄，脉弦数。
瘀毒壅滞
证候：颈前瘿瘤质地坚硬，迅速增大，较为固定，形如覆杯，有时发胀作痛，咳嗽痰多或颈前两侧瘰疠丛生。舌质青紫或有瘀斑瘀点，舌苔厚腻。
气血双亏、邪毒尚盛
证候：颈前瘿瘤隆突，紧缚固定，胸闷憋气，心悸气短，肢倦乏力，精神不振，纳呆食少，二便失调，形体消瘦。舌质暗淡或淡青紫，苔少，脉沉细无力或细涩。
正虚毒恋证
证候：病之后期，肿块巨大坚硬不动，或手术后复发，或放射治疗后肿块未消，身体消瘦，五心烦热，盗汗或自汗，失眠多梦，舌红少津，少苔，脉细无力。
治法：益气养阴、解毒化瘀。
主方：生脉散合二至丸
加减：可加夏枯草、郁金、桃仁、浙贝母、土茯苓等。
