根据不同的真菌感染进行抗真菌和对症治疗。首先，以隐球菌性脑膜炎为例，其基本治疗为对症治疗、抗真菌治疗和手术治疗。
对症治疗
降颅压治疗：在疾病确诊后2~4周内病死率高，与颅内压显著增高密切相关，因而，降低颅内压是降低早期病死率的关键。先前对脑脊液涂片阳性者是否能行脑室腹腔分流术有争议，认为分流术后可能会导致真菌感染的全身扩散。但目前临床实践证实在积极抗真菌治疗前提下行分流术并不会增加感染扩散的机会，比单纯行脑脊液外引流术更有利于缓解病情，防止引流口继发细菌感染。在降颅压治疗中亦有选用大剂量肾上腺皮质激素治疗者，可暂时性缓解病情，但可能会影响对真菌感染的控制，故不作常规推荐应用。
