真菌是慢性肉芽肿性关节炎的常见致病因子。各种真菌都可以引起骨关节病变。侵害筋骨系统的最常见真菌是粗球孢子菌、荚膜组织胞浆菌、皮炎芽生菌、申氏孢子丝菌和免疫机能障碍者的念珠菌、曲霉、隐球菌和组织胞浆菌等。真菌感染关节的方式，很少由血行性传播感染，大多是由于邻近关节的骨骼真菌性病灶，直接扩散到关节。孢子丝菌还可以经皮肤及皮下直接侵入关节。球孢子菌由呼吸道吸入肺，也可由皮肤微小损伤进入皮肤，引起原发性肺或皮肤感染。
